Ślady ludzkiego bytowania na terenach Morąga sięgają okresu neolitu. Jednak historia miasta wiąże się ściśle z pojawieniem się Zakonu Krzyżackiego na terenach Prus.

W czasie ekspansji Zakonu powstało wiele warownych miejsc. Budowano twierdze i zamki w najbardziej dogodnych obszarach, stanowiących naturalne warunki obronne. Na jednej z wysp sandrowych, pomiędzy trzema jeziorami, Krzyżacy zlokalizowali zamek w Morągu. Służył on jako siedziba urzędników krzyżackich i był jednym z ogniw łańcucha budowli warownych, położonych na szlaku od południa w kierunku Elbląga. Prokuratoria morąska powstała z inicjatywy komtura elbląskiego i podlegała tejże komturii. Pod koniec XIII wieku tuż przy zamku powstała osada, która za sprawą komtura elbląskiego otrzymała prawa miejskie oparte na prawie chełmińskim.

Rozwój gospodarczy miasta oparty był głównie na handlu i rolnictwie. Bitwa pod Grunwaldem (1410), jakoby rozpoczyna ciekawy i jednocześnie burzliwy okres walki z Krzyżakami. Od roku 1454, po przystąpieniu przez miasto do Związku Pruskiego i wypowiedzeniu posłuszeństwa Zakonowi, zamek i miasto Morąg oddane zostaje pod opiekę królowi polskiemu Kazimierzowi Jagiellończykowi. Na mocy Pokoju Toruńskiego powróciło ponownie w ręce Zakonu pozostając do 1525 w granicach Księstwa Pruskiego.

W okresie najazdów szwedzkich miasto i zamek, znacznie przebudowany przez rodzinę Dohnów na rezydencję w stylu renesansowym, były kilkakrotnie zajmowane przez Szwedów. Trawione dwukrotnie przez pożary, odbudowywane, zyskiwało na nowym wyglądzie , bowiem pojawiać się zaczęły w mieście, poza kościołem, zamkiem i ratuszem, budowle murowane. Ważnym wydarzeniem dla Morąga był pobyt wojsk napoleońskich na początku XIX wieku. W tym okresie, na teranie Prus, zachodziły zmiany społeczno-ekonomiczne, zwane kapitalizmem, które to spowodowały reformy administracyjne. Na ich bazie Morąg zyskał rangę powiatu, pozostając w tej formie do lat 70 XX wieku.

W tym czasie, w mieście zaczęły się mocno rysować zmiany urbanistyczne. Jednak ani rozwój inwestycji, a w tym powstanie nawet kolei torowej, nie przyczyniło się do ożywienia gospodarczego miasta. Na pewno ważne dla rozwoju stało się zelektryfikowanie znacznej części obszarów miejskich. W okresie międzywojennym postanowiono zlokalizować na stałe garnizon wojskowy, którego obecność spowodowała poważne inwestycje i znaczne zasiedlenie ludności.

W tak niezmienionej formie Morąg pozostaje do dziś, jedynie po likwidacji powiatów stał się gminą, będącą nadal ośrodkiem o randze administracyjnym dla okolicznych terenów wiejskich. Zważywszy na piękne położenie Morąga, miasto swoje znaczenie zaczyna ugruntowywać jako ośrodek turystyczno-wczasowy.